JZee 的讨论

全基因测序还是太贵太耗时，一般还是需要开发出专门的assay来测各种情况。顺便说一句，PACB的长读特别适合用来设计检测这些大片段出错的assay，比如 large deletion, inversion, translocation 等等。感觉Beam这方面应该也很牛，CEO最近总说这方面是基因编辑的强项。创始人之一的J. Keith Joung也是专门开发assay的。

商用的全基因组测序获得的主要信息还是一级序列。如果需要获知二级和三级结构需要复杂的拼接算法和个性化分析，费时费力费钱还不太准确。核型分析可以较容易获得染色体二三级结构信息，和测序互为补充。利好最先进的核型分析技术公司BNGO，不过其估值已经非常高了。

QC占细胞治疗成本的一半左右，细分项目极多，FDA官网或者BLA/NDA文件中一般都会有list。关于基因编辑对基因组的影响，一般分为on-target和off-target检测，前者是看敲除基因的效率，也会看造成的indel类型和序列。后者就比较复杂，需要看全基因组的profile，最好的方法当然是全基因组测序，价格昂贵，通量低，其次是用barcode或者软件预测脱靶位点等方法，存在一定的偏差。
而染色体异常属于细胞遗传学的范畴了，要靠核型分析来检测。
蛋白表不表达当然要看，更重要的是功能性研究，一致性和安全性。

Beam 作为DSB 挑刺专业户，专注于开发检测各种 translocation, large deletion 的 assay 技术。

这还要出动$10x Genomics(TXG)$ 和$Illumina(ILMN)$ 的单细胞测序了[捂脸]

核型分析只能测大片段的变动，微缺失或颠倒之类的得靠其他方法: 基因芯片,STR或者更新的手段，好歹是30亿碱基对，没那么简单。
你说的也有可能，有些细胞癌变就会伴随染色体异常。基因编辑导致的可能很罕见，要开发更高灵敏度的检测方法，比如单细胞测序等。

核型分析这么便宜那理应多抽样做做，一次治疗百把万哩。它这个有可能是极少量的细胞有问题，导致很难测到么？然后这少量细胞在人体内出于某种原因有优势，又扩增？

当然可以这样。但你要知道全基因组测序需要十几万/样，从测序到分析需要十几天。核型分析一两千，一个大专生不到一小时出报告。你还会这么干吗？

全基因测序看不到一个染色体少了一段，或者一段接到另一个染色体上，或者自己接成圈之类的情况么？dsb应该主要是这种吧，不会是多倍体或者少一个之类的吧

我刚打赏了这条评论 ¥6，也推荐给你。