但这样对老板不是不公平吗？如果不是在早期创业阶段就有这样的约定，凭什么老板要答应？这样的话，为什么老板当初还要这么多股份？

你可以认为折合100%股权价值那一栏是，交易对价÷持股比例得到的。老板/大股东每股卖身价格低，相当于是在公司估值上压价后乘以持股比例得到的交易对价。其他交易对手例如员工持股平台，每股卖身价格高，相当于是在公司估值上溢价后乘以持股比例得到的交易对价。最终总的交易对价是创芯微的评估总价。
这就好比整鸡是一个单价，鸡胸肉、鸡杂的单价比整鸡低，鸡腿、鸡翅单价比整鸡高。明白了吗？

关于这个收购，为什么一开始是发股+现金，后来变成发可转债+现金+定增了？

根据交易双方协商结果，本次交易中， 公司结合交易谈判情况、交易对方初始取得成本等因素，对交易对方所持标的公司股 权采取差异化定价。本身老板的原始股的获取价格和后面的投资方/核心员工的获取价格就差别极大。
如果每股支付价格相同，意味着大部分钱被老板和早期投资者拿走。
考虑到老板和早期投资者获取成本低，所以支付价格对应降低。
所以虽然其他交易对手持股是主要股东的三分之一，但得到的支付价格是二分之一左右。