通过比较遗传性状，达尔文建立了各种系统关系，古生物学家后来根据化石重建了更多的远古关系。近50年发展起来的生物化学分类法已更进一步完善了这些系统树。目前最可靠的方法，是核酸的序列分析。例如，我们把一个编码血红蛋白或细胞色素c（呼吸酶的一种）或编码所谓的5sRNA的特定基因从各物种中分离出来，然后比较各种序列。各物种在进化上分离得越远，这些碱基序列间的差别就越大。事实上，这些差别是可以量化的。用同样的方法，5sRNA可以用来推演出整个动物，植物和细菌世界的进化树。这种核酸在各种蛋白质的生物合成中扮演重要的角色，并且存在于所有的生命形式中，从最原始的生物到人都是如此。