第三个阶段是在90年代及以后，外资药企进入日本市场，行业竞争加剧，这个阶段行业增速明显下降，药企开始面临不创新就被淘汰的困境，药企数量大幅减少。这个时期制药企业的新药研发实力快速提升，这个阶段逐渐走出来了武田制药、第一三共、安斯泰来和卫材等跨国药企，海外收入占比达到50%以上，武田制药和安斯泰来的海外收入占比达到70%以上。