第三代测序单分子测序smrt相关企业近况

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第三代测序并不新鲜,11年牛津纳米管的邮件就已经表明自己已经实现了基本原理。原理上甚至比第二代测序,也就是高通量测序还要简单些。至少不需要各种高亮的照明源和激光源。

1,网页链接

Pacific Biosciences

PacBio SMRT技术应用了边合成边测序的思想,并以SMRT芯片为测序载体,芯片上有很多小孔,每个孔中均有DNA聚合酶。

测序基本原理是:DNA聚合酶和模板结合,4色荧光标记4种碱基(即是dNTP),在碱基配对阶段,不同碱基的加入,会发出不同光,根据光的波长与峰值可判断进入的碱基类型。DNA聚合酶是实现超长读长的关键之一,读长主要跟酶的活性保持有关,它主要受激光对其造成的损伤所影响。

另外,可以通过检测相邻两个碱基之间的测序时间,来检测一些碱基修饰情况,既如果碱基存在修饰,则通过聚合酶时的速度会减慢,相邻两峰之间的距离增大,可以通过这个来之间检测甲基化等信息。SMRT技术的测序速度很快,每秒约数个dNTP。

但是,同时其测序错误率比较高(这几乎是目前单分子测序技术的通病),达到15%。但好在它的出错是随机的,并不会像第二代测序技术那样存在测序错误的偏向,因而可以通过多次测序来进行有效的纠错(代价是重复测序,也就是成本会增加)。


2,Oxford Nanopore

网页链接

这家是我第一家了解到做第三代的公司,不知道是不是第一家。上面的pacbio 15年量产了。

nanopore的mini on (离子激流的名字被illumina注册了)应该也是很早就量产的。

Oxford Nanopore Technologies公司所开发的纳米单分子测序技术与以往的测序技术皆不同,它是基于电信号而不是光信号的测序技术。

该技术的关键之一是,设计了一种特殊的纳米孔(只能容纳单分子通过),孔内共价结合有分子接头。当DNA碱基通过纳米孔时,它们使电荷发生变化,从而短暂地影响流过纳米孔的电流强度(每种碱基所影响的电流变化幅度是不同的),灵敏的电子设备检测到这些变化从而鉴定所通过的碱基。

3,helicos

Heliscope 已经破产

4,瀚海基因 深圳

第三代测序时间更短,费用更低,对crispr研发也有很大帮助

全部讨论

mocular2017-08-08 09:42

$华大基因(SZ300676)$ 果然基本来了。基因测序涨小票提款来维持华大盘口。

willstar19762017-08-06 23:42