有限合伙架构具有风险隔离、分配机制灵活、避免双重征税、利于增强公司稳定性、扩充或减少股东人数较为便捷等多重优势，在投资领域，合伙企业尤其是有限合伙企业主体应用颇广。
当前我国合伙企业相关法律尚未完善，合伙企业涉税问题错综复杂，实操中企业出于各种特殊目的考量会设立多层架构，层层穿透后所得税性质该如何认定成为难点问题。
本文将重点讨论，多层合伙架构下，自然人合伙人取得分红，该按”生产经营所得“（适用税率5~35%）还是”股息红利所得“（适用税率20%）申报纳税？
不同架构下自然人合伙人的涉税问题
架构一：自然人通过有限合伙持有有限公司股权
图1
问：有限合伙企业（投资类）取得有限公司的分红，自然人A、B应如何缴纳个税？
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税文依据：
国税函【2001】84号文规定：“个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。
以合伙企业名义对外投资分回利息或者股息、红利的，应按《通知》所附规定的第五条精神确定各个投资者的利息、股息、红利所得，分别按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。”
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假设有限公司当年实现所得为1000万，则其需缴纳企业所得税：1000*25%=250万，税后净利润为1000-250=750万，其实际分配给合伙企业（投资类）的净利润为750万。按照国税函【2001】84号文的规定自然人A、B应当按照股息红利所得（20%）计算个人所得税。
结论：图1中，有限合伙企业（投资类）符合84号文中的规定，因此对于合伙企业从有限公司收回的分红，自然人合伙人A、B应按照股息红利所得申报纳税，适用所得税税率20%。
自然人A：750*20%=150万元
自然人B：750*20%=150万元
架构二：自然人通过有限合伙持有有限合伙份额
图2
问：图2中，有限合伙企业（投资类）投资的依然是一家有限合伙企业，这种情况下能否满足84号文的规定呢？
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税文依据：
《合伙企业法》第六条合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照国家有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税。
经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率。
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假设合伙企业（非投资类）当年实现所得为1000万，按照合伙企业约定比例规定：有限合伙企业（投资类）占80%，自然人C占20%。由于合伙企业（非投资类）的所得并非对外投资所得，对于合伙企业（投资类）而言也还属于经营所得。
结论：图2中，有限合伙企业（非投资类）取得的收入为生产经营所得，无论其是否进行分配给上层合伙企业（投资类），自然人合伙人都应按照生产经营所得缴纳个人所得税，适用5%~35%的超额累进税率。
自然人A：1000*80%*50%*35%=140万
自然人B：1000*80%*50%*35%=140万
自然人C：1000*20%*35%=70万；
架构三：自然人通过双层有限合伙持有有限公司股权
图3
问：图3中，若有限公司分配股息红利，自然人A、B与自然人C是否适用相同税率？其所得性质是否相同？
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税文依据
《中华人民共和国企业所得税法》（主席令第63号）第二十六条二项规定，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益作为免税收入，免缴企业所得税。
注意：个人独资企业、合伙企业不适用《企业所得税法》
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假设有限公司当年实现所得为1000万，其股权架构如图3所示。首先可以判断自然人C符合84号文要求，应该按照股息红利所得进行申报纳税。但是对于有限合伙企业1来说，其从有限合伙企业2取得的所得并非股息红利，在分配给有限合伙企业1时还应按照”先分后税“的原则分配给自然人A、B。
结论：自然人A、B按照经营所得个税进行纳税申报，自然人C按照股息红利所得个税进行纳税申报。
自然人A：1000*80%*50%*35%=140万
自然人B：1000*80%*50%*35%=140万
自然人C：1000*20%*20%=40万
针对这一点，目前尚存争议，很多人认为会有悖于税收公平原则，同样一笔分红为何所得性质会不同？
实务中，我们咨询了上海、苏州等地方税务机关，得到的回复是穿透两层合伙企业需合并经营所得进行纳税申报。虽然不能按照股息红利所得，适用20%税率，但是从另一个角度来说，若有限合伙企业1（投资类）存在亏损，自然人A、B实际整体税负可能低于20%。
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