国家级保密是目前国内最高保护等级，分为绝密、机密、秘密三级。绝密级目前只有两个，第一个是云南白药，第二个是漳州片仔癀。
国家级保密机密配方，也叫中药保密品种，当前有五个，分别为：北京同仁堂的安宫牛黄丸、广州奇星药业的华佗再造丸、苏州雷允上的六神丸、上海和黄药业的麝香保心丸、山西广誉远国药的龟龄集，这五个仅次于云南白药和漳州片仔癀，保密期限为长期。
第三个是中药保护品种，一级的保护期限为三十年、二十年、十年，七年不等
1、片仔癀（600436）片仔癀系列，独家绝密配方，国家一类中药保护品种。
2、云南白药（000538）白药系列国家绝密配方，国家一类中药保护品种。
3、东阿阿胶（000423）阿胶系列，国家首批非物质文化遗产扩展项目名录。
4、精华制药（002349）王氏保赤丸，季德胜蛇药片为独家品种，被列为国家中药保密品种，其中季德胜蛇药片被列为绝密。
5、中新药业（600329）速效救心丸，国家级机密中药品种。
6、九芝堂（000989）驴胶补血冲剂、乙肝宁冲剂，国家级中药保护品种。
7、桂林三金（002275）三金片，西瓜霜系列
8、海南海药（000566）枫寥肠胃康颗粒剂，国家中药保护品种。
9、奇正藏药（002287）奇正消痛贴膏，国家中药保护品种。
10、亚宝药业（600351）丁桂脐贴
11、康恩贝（600572）可达灵，国家中药保护独家品种。乌灵胶囊，国家中药保护品种。
12、健民集团（600976）龙牡壮骨颗粒，首批国家一级中药保护品种。
13、沃华医药（O02107）心可舒片，国家中药保护品种。
14、广誉远（600771）龟龄集，定坤丹，盖天力，维奥欣，四季三黄软胶囊等
15、康缘药业（600557）热毒宁注射液、痛安注射液
16、江中药业（600750）复方草珊含片、江中牌健胃消食片
17、中恒集团（600252）血栓通注射液
18、紫鑫药业（002117）补肾安神口服液，四妙丸
19、羚锐制药（600285）通络去痛膏、壮骨麝香止痛膏
20、华润三九（000999)999感冒灵、皮炎平、正天丸、胃泰
21、同仁堂（600085）六味地黄丸
22、马应龙（600993）麝香痔疮膏
23、北陆药业（300016）九味镇心颗粒
24、天士力（600535）复方丹参滴丸
25、千金药业（600419）妇科干金片
26、金陵药业（000919）脉络宁注射液
27、白云山（600332）消渴丸
28、西藏药业（600211）诺迪康系列
29、太极集团（600129）急支糖浆
30、嘉应制药（O02198）双料喉风散
31、红日药业（300026）血必净注射液
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