二、股票来源
根据中国证监会颁发的《关于上市公司实施员工持股计划试点的指导意见》（以下简称“《指导意见》”）的规定，员工持股计划可以通过以下方式解决股票来源：上市公司回购本公司股票；二级市场购买；认购非公开发行股票；股东自愿赠与及法律、行政法规允许的其他方式。
第一，若员工持股计划的股票来源为公司回购的股票，且员工持股计划购买的价格为回购均价，则不涉及个人所得税缴纳。若员工持股计划低于回购价格购买股票，对于低于回购价的差额是否征收个人所得税，现行的税收政策也并未明确。由于员工持股计划与股票期权及第二类限制性股票均存在较大差异，与之最为相似的为第一类限制性股票计划计划。个人认为对于差额部分，属公司给予员工持股计划参与人额外的“激励”，应按照第一类限制性股票的规则去缴纳个人所得税。
根据纳税的“所得实现”原则，纳税时点为员工持股计划的锁定期届满日更为合适。相较于股权激励，员工持股计划无12个月的纳税递延优惠政策，激励对象需在锁定期届满日后的合理期间内完成纳税义务。
第二，员工持股计划从二级市场购买及认购非公开发行的股票，由于都是不涉及到公司给予额外“激励性”。因此，也不涉及个税缴纳。
第三，股东自愿赠予，虽近些年市场并不存在这样的案例，但我们仍就此可能性进行探讨。若采用股东自愿赠予，则赠与人不涉及缴纳个税，受赠人是否需要缴纳个税并无明确政策。但根据新疆维吾尔自治区地方税务局2013年发布的《自然人股东股权转让所得个人所得税征收管理暂行办法》，除上述不征收个人所得税的三种情形外，个人无偿受赠股权的，以赠与合同上标明的赠与股权价格减除赠与过程中受赠人支付的相关税费后的余额为应纳税所得额，按照“财产转让所得”项目、依20%税率，向股权变更企业所在地主管地方税务机关计算缴纳个人所得税。广东省颁发的《关于加强股权转让所得个人所得税征收管理的通知》中规定与上述完全一致。据此，我们认为，在股东赠予时，激励计划参与人需要缴纳个税，但是按照“财产转让所得项目”一次性缴纳20%的个人所得税，而不适用3%-45%的七级累计税率，纳税义务的产生时点可参照上文。
根据《指导意见》的规定，每期员工持股计划的持股期限不得低于12个月，以非公开发行方式实施员工持股计划的，持股期限不得低于36个月，自上市公司公告标的股票过户至本期持股计划名下时起算。因此，员工持股计划持股期限最少将为1年。根据《关于上市公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》的规定，个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票，持股期限超过1年的，股息红利所得暂免征收个人所得税。员工持股计划参与人通过员工持股计划在持股期限内获授的股息和红利应是免征收个税。
员工持股计划解除限售，若因股价上涨带来的资本利得是免征个人所得税。
特别提示的是，员工持股计划若以信托或资管计划的形式呈现，后续将要扣除资管产品3%的增值税后所得分配给参与人。除外，由于相关政策并未明确，在实操中各地操作可能存在一定差异。