1、氢气分子粒径非常小，非常容易逃逸。
绝大多数材料做的容器看似无缝隙，但实际上是有“孔隙”的，只是它的空隙是纳米级别的，能够“网住”巨大多数物质。然而氢气却是例外，由于氢气分子由两个氢原子组成，粒径很小，比绝大多数材料都纳米孔隙还要小，自然也就能够穿过。这就导致一个问题，即便用钢瓶存储，氢气也会缓慢泄露。
2、储氢钢瓶在一定条件下也会发生氢脆现象导致爆炸。
氢在常温常压下不会对钢产生明显的腐蚀，但当温度超过300℃和压力高于30MPa时，会产生氢脆这种腐蚀缺陷，尤其是在高温条件下。一旦储氢瓶受到高温烘烤，非常容易发生氢脆现象而爆炸。
3、氢气的爆燃混合比非常宽泛，是高度易燃易爆气体。
测试表明，当体积混合比达到4.0%～75.6%，氢气遇到火星就会爆燃。哪怕是充氢气的玩具气球都能把人炸伤甚至炸死。
4、氢燃料汽车的能耗远大于纯电车。
每生产1千克氢需要耗费55度电，而这样的能源投入仅能让1.5吨的小车行驶80千米。而55度电能让1.5吨重的小车行驶约400公里。
5、储氢难度大，成本高。
前面提到，氢分子因粒径太小，非常容易穿过存储罐体的纳米孔隙。如果是密闭空间，逃逸出来的氢气将聚集在一起，遇到火星非常容易爆炸。储氢罐体压力高达70Mpa，普通材料甚至无法承受如此高的压力，这就会导致氢气存储成本高昂。
如果普及氢燃料汽车，那就会导致安全性问题。氢燃料汽车本身就是移动炸弹，由于储氢罐压力极大，一旦罐体破损，其泄露速度将非常恐怖，极短时间氢气就会扩散到很大区域。一旦发生爆炸，破坏范围将远大于汽油车爆燃。
另一个更可怕的问题就是加氢站本身也是个非常恐怖的炸弹。一旦有汽车失控撞击，后果不堪设想。此外，如果某天夜晚加氢站因线路老化或阀门松动大量泄露，一旦爆炸，破坏范围将十分恐怖。
有专业人士公开嘲讽氢燃料汽车：要空间没空间、要续航没续航、成本还不便宜….关键爆炸威力还特别大！