受制于生产工艺，传统多肽口服制剂在成本和产能方面均较小分子药物处于劣势，诺和诺德的司美格鲁肽同时面临着价格昂贵和产能不足两个问题。因此，多肽药物需要努力降低成本，并通过改进生产工艺扩大产能。而小分子药物不及多肽口服制剂成熟，需要在药效和安全性两方面下功夫。
产能之困：市场千呼万唤但两者将长期供不应求？
但眼下，困扰这对减肥“双子星”的共同问题是产能限制。诺和诺德早前称司美格鲁肽将出现长期供应紧张。多国严格收紧司美格鲁肽用于2型糖尿病制剂的开具和使用，在国内出现的减重人群超适应症用药在一段时间内影响了糖尿病患者的正常需求。
替尔泊肽在上市后也出现部分剂型间歇性断货的情况。本周三，礼来首席财务官Anat Ashkenazi在TD Cowen年度医疗保健会议上表示，虽然礼来正在进行公司历史上最重大的扩产计划，但产能的提高需要时间。Ashkenazi补充称，甚至到2025年，礼来公司可能也无法满足市场对Zepbound和Mounjaro的需求。
除了大力追加投资和拓展市场，外界关心的是两种药物的制备方法不同，是否会让二者未来在产能上拉开差距，进而影响二者的竞争态势？公开资料显示，司美格鲁肽通过发酵法+固相合成法进行制备，替尔泊肽则采用固相+液相化学合成法。
刘立鹤认为，从后续产能爬坡的角度来说，发酵法+固相合成法相对于液相合成法具有更高的技术门槛和生产成本，因为发酵工艺通常需要较长的时间和更复杂的设备。然而，一旦建立起稳定的生产工艺，这一方法可以实现较大规模的生产，有助于应对市场需求。从制造成本角度来看，就单个产品来说，液相合成法更为经济，因为该方法的生产工艺相对简单且易于扩展。不过，与固相合成法比较，液相合成有合成范围小的缺点，一般集中在10个氨基酸以内的多肽合成，此外，合成中需要对中间体进行提纯，时间长，工作量大。
梁贵柏则对记者表示，两种制备方法不能泛泛比较优劣，只能说各有特点。他解释称：“一般来说，液相合成的适用范围广，灵活性最大，适合大规模量产；相比之下，固相合成自动化程度高，但不太适合大规模量产；发酵和酶工程也适合大规模量产，但是适用范围有限。”
据梁贵柏分析，“这个领域近年来发展得很快，技术日新月异，界限已经模糊不清，这使得多肽类药物的生产工艺不再局限于单一的模式，而是多种不同方法的灵活组合，以期获得最优工艺。此外，随着AI不断介入，该领域有望在多个不同方向上实现突破”。