上科大团队解析肿瘤免疫靶点CCR8的冷冻电镜结构,为药物设计提供精确指导

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“理解人类 CC 趋化因子受体 CCR8 的‘同’和‘异’,有利于我们通过基于结构的方法来更加精准地进行药物设计。”上海科技大学 iHuman 研究所徐菲教授表示。

图丨徐菲(来源:徐菲)

作为 G 蛋白偶联受体家族中一类较为典型的受体,趋化因子受体由被称为趋化因子的小蛋白配体激活,并能与其进行相互作用,在免疫防御中具有广泛的功能。因此,这类受体与癌症、自身免疫性疾病等一系列疾病密切相关。

目前该领域的研究人员已经在人体中鉴定出超过 50 种内源性趋化因子和 20 种趋化因子受体,并在趋化因子受体-G 蛋白复合物的结构研究上取得显著进展。

但是,趋化因子受体家族内组成性活性的保守分子机制,以及非肽激动剂配体激活下游信号传导的机制,仍然是未解的问题。

而受体 CCR8(CC chemokine receptor 8,CCR8)作为近年来颇受瞩目的一个肿瘤免疫靶点,在多种疾病中发挥着复杂的作用,有望在受体激动剂和拮抗剂上拥有良好的应用前景。

如果能够解析出它的结构,有助于为设计靶向 CCR8 的肿瘤免疫药物提供进一步指导。

基于此,近期,徐菲教授带领团队分别解析了 CCR8 和 G 蛋白三聚体复合物在无配体结合状态下、以及结合非肽的小分子激动剂(LMD009 和 ZK 756326)状态的冷冻电镜结构,发现小分子结合口袋中保守的 Y1.39Y3.32E7.39 基序在趋化因子受体和非肽配体识别中起到关键作用。

另外,该课题组也通过结构和功能分析发现,CC 趋化因子受体中 Y1143.33和 Y1724.64 缺乏保守性,而这可能有助于非肽配体与 CCR8 结合的选择性。

图丨apo-CCR8-Gi、LMD-009–CCR8-Gi 和 ZK 756326–CCR8–Gi 复合物的冷冻电镜结构(来源:Science Advances

近日,相关论文以《揭示人趋化因子受体 CCR8 中非肽配体识别和激活的结构机制》(Unveiling the structural mechanisms of nonpeptide ligand recognition and activation in human chemokine receptor CCR8)为题在 Science Advances 上发表[1]。

图丨相关论文(来源:Science Advances

上海科技大学 iHuman 研究所博士研究生蒋姗、林浠副研究员和武丽杰副研究员是共同第一作者,上海科技大学 iHuman 研究所徐菲教授担任通讯作者。

据徐菲教授介绍,她所带领的实验室成立于 2013 年,十多年来主要关注一些和人类疾病与健康相关的膜蛋白受体,致力于在理解其三维结构的基础上,掌握生物学功能及作用,从而推动对应的药物开发。

因此,他们选择研究的靶点不仅与人类的重大疾病相关,从结构上看也颇具难度和挑战。

例如,该课题组曾在国际上率先完成对首个人源孤儿受体 GPR52 的解析,相关论文于 2020 年在 Nature上发表[2]。

值得一提的是,由于孤儿受体是 G 蛋白偶联受体家族中一类未知内源性配体的受体,因此对它进行结构研究并不容易。

“但因为我们实验室在 G 蛋白偶联受体领域拥有长期积累,发展出了一些独特的技术经验,所以有信心去挑战这些具有难度的靶点。”徐菲说。

而对 CCR8 的研究,也正是基于这样的背景开展的。

如上所说,CCR8 近年来引发该领域的广泛关注,有研究人员认为它是继 PD-1(Programmed Cell Death 1,程序性死亡受体 1)之后另一个非常有潜力的肿瘤免疫靶点。

并且,尽管该领域的研究者已经解析了趋化因子受体家族的许多结构,但还未曾涉足有关 CCR8 的结构研究。

“如果我们能够填补这项空白,就能有效推动肿瘤免疫的发展。”徐菲说。

据了解,在研究过程中,该团队主要关注 CCR8 的“同”和“异”。“同”指的是 CCR8 的配体识别机制与趋化因子受体家族之间的相同之处;“异”指的是 CCR8 特有的选择性机制。

“我们不仅发现 CCR8 的 Y1.39Y3.32E7.39 基序在整个趋化因子受体家族的配体识别中相对保守,还发现它的配体识别口袋中有两个特异且重要的氨基酸残基。”徐菲表示。

通过对“同”和“异”的探究,他们不但为趋化因子受体的配体识别提供了通用的模版机制,而且为针对 CCR8 的配体或药物设计提出了精确的模型。

基于目前的成果,该课题组还制定了两方面的后续计划。

其一,与科研机构、生物技术公司开展合作,推动 CCR8 朝着转化和应用方向发展。

其二,从基础研究的角度,对 CCR8 和内源性配体的识别机制,以及其他趋化因子受体和配体的识别机制等问题,开展进一步研究。

参考资料:

1.S.,Jiang,X.,Lin,L.,Wu. et al. Unveiling the structural mechanisms of nonpeptide ligand recognition and activation in human chemokine receptor CCR8. Science Advances 10,5(2024). DOI: 10.1126/sciadv.adj7500

2. X.,Lin, M., Li, N., Wang.et al.Structural basis of ligand recognition and self-activation of orphan GPR52. Nature 579, 152–157 (2020). 网页链接

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