智飞生物上半年实现收入/归母净利润/扣非归母净利润分别131.71/54.91/55.03亿元，YoY+88.33%/+264.94%/+263.73%，相较于19年同期分别+161.41%/378.71%/367.67%，其中Q2单季度实现收入/归母净利润/扣非归母净利润分别92.45/45.52/45.60亿元，YoY+112.08%/+360.69%/+361.40%，相较于19年同期分别+236.77%/605.91%/607.78%，环比+135.44%/+385.25%/+383.89%。中报业绩略超市场预期。
报告期内，代理产品收入71.17亿元，占营收比重54.04%，同比增长7.96%，毛利率33.99%，同比减少4.06个pp；自主产品收入60.37亿元，占营收比重45.84%，同比增长1474.67%，毛利率86.88%，同比减少1.69个pp。
分产品看，代理疫苗方面:
1）HPV疫苗：2021H1，9价批签发194.0万支（同比-10.2%），4价批签发304.6万支（同比-16.9%），估算21H1合计销售550-600万支左右，预计21全年合计销售有望超过1500万支；
2）5价轮状：2021H1批签发377.3万支（同比+73.9%），估算21H1合计销售300-350万支左右，21全年销售或有望达到700-800万支；
3）23价肺炎疫苗：2021H1批签发49.0万支（20年上半年无批签发）(沃森批签发79.2万支，+23.08%)；
4）灭活甲肝疫苗：无批签发。
自主疫苗方面：
1）ACYW135多糖疫苗：2021H1批签发401.3万支（同比+123.7%）（沃森批签发29.0万支，-68.9%）；
2）AC结合苗：2021H1批签发315.6万支（同比+115.12%）（沃森批签发54.1万支，20H1无批签发）;
3）Hib疫苗：无批签发，20H1批签发111万支，（沃森批签发101.6万支，-25.2%）。
智飞龙科马：2021H1营业收入53.1亿元，净利润34.5亿元，对应净利率约65%，估计主要系新冠疫苗贡献；
其他自主产品：剔除龙科马后，其他自主产品收入约7.2亿元，符合预期。
盈利能力有所上升，整体运营效率有所提升。报告期内公司整体毛利率为 58.30%，同比增长19.83个pp；净利率41.69%，同比增加20.17个pp。销售费用率5.91%，同比下降0.23个pp；管理费用率 0.98%，同比下降0.34个pp；财务费用率0.30%，同比下降0.74个pp。公司共有448名研发人员（+22%），2021年上半年研发投入达到7.90亿元（+4640%），占自主业务收入的13.09%，为公司研发创新提供了人才储备和资金保障。公司处于临床试验阶段以及临床前研究的项目共计26项，形成了具有产品协同效应和行业竞争力的产品矩阵。
现金流方面，公司21年H1经营活动净现金流为65.31亿元，同比增长1532.47%，收现比0.92，净现比为1.0,2，净利润有现金支撑。投资活动净现金流为-10.52亿元，较上年同期减少324.35%，主要系主要是本期支付设备及工程款增加所致。筹资活动净现金流为-18.08亿元，同比减少225.71%，主要系本期收到短期借款减少所致。
新冠疫苗上半年利润贡献明显，预计三季度持续供应国内接种，四季度有望出口。鉴于智飞生物优秀的三期数据出炉，特别是对Delta变异株有如此高的保护效果，预计在随后的出口中，智飞生物新冠疫苗优势明显，出口有望为公司带来巨额利润，21年销量有望超过3亿剂，每支新冠疫苗净利润约27元，则利润有望达到80亿以上体量。上半年HPV疫苗批签发量略减少，预计下半年有望恢复，独家代理默沙东疫苗国内需求旺盛，成长稳定，短期内依然是公司收入和利润的主要来源。自研产品有序向前推进，打开公司长期发展空间。22-27年三代狂犬、四价流感疫苗、冻干三联苗、四价流脑结合、15价肺炎、23价肺炎等产品上市放量；中长期看其他品种研发持续推进，重组带状疱疹疫苗、诺如病毒疫苗、 RSV疫苗等值得期待。结核防治板块布局较为全面，成长空间大。不考虑新冠疫情，预计2021-2023年归母净利润分别为45.79/64.40/85.43亿元，对应估值为 57/40/31倍PE，维持“买入”评级。