中文在线与清华大学之间存在合作关系。根据搜索结果，中文在线（股票代码：300364）成立于2000年，源自清华大学，并且中文在线与清华大学新闻学院联合成立了“元宇宙文化实验室”67。此外，中文在线在二十周年之际，收到了来自清华大学基金会代表清华发来的贺信，称中文在线是母校的“骄傲与荣光”8。这些信息表明中文在线与清华大学有着深厚的联系和合作。
此外，中文在线作为中国数字出版的开创者之一，也是全球最大的中文数字出版机构之一，其业务涉及数字阅读服务解决方案及数字阅读产品，服务于学校、公共图书馆、政府、企事业单位等机构用户5。而清华大学作为中国的顶尖高等学府，其与中文在线的合作可能涵盖了教育内容的开发、数字出版、文化传承等多个方面。
综上所述，中文在线与清华大学不仅有着起源上的关系，还有实际的合作项目和深厚的情感联系。