科研院所按功能，主要有两大类，即基础类和应用类。应用类又可细分为工程类和工艺类。目前，央企军工集团的不少科研院所尚未改制，其中大部分是基础类混合应用类。虽然直接经济效益很不错，但因涉及基础类，改制起来相当困难。
转企改制的科研院所，主要是三方面的内容:第一，界定法人财产权属并合理评估入账。第二，按现代企业制度要求，转变经营机制。第三，核心技术人员、管理人员事业单位身份到企业单位身份置换完毕。其中，最难的就是第三点。根据《关于分类推进事业单位改革的指导意见》，改制过渡期为5年。在此过渡期内，对转制单位给予适当保留原有税收等优惠政策，原有正常事业费继续拨付；在离退休待遇方面，转制前已离退休人员，原国家规定的离退休费待遇标准不变，转制前参加工作、转制后退休的人员，基本养老金的计发和调整按照国家有关规定执行。在医疗保障方面，离休人员继续执行现行办法，所需资金按原渠道解决；转制前已退休人员，转制后继续按规定享受职工基本医疗保险、补充医疗保障等待遇。
改制最慢的就是央企军工集团内部的核心军工院所。目前，航天科技集团，航天科工集团，电科集团都有部分院所尚处在改制过渡期内。如航天科技一院，四院，七院，九院，航天科工集团二院，三院等，基本上要到十四五末才能完成。改制没有得到上级部门的最后确认，分离出来的相关企业就无法证券化。航天三江集团的改制工作起步较早，部分下属公司已经进入了资产证券化的轨道。如航天科工火箭技术公司，航天行云工程公司，武汉锐晶激光芯片技术公司，武汉光谷量子技术公司， 以及三江集团参股的武汉磁电公司等，都已入围武汉市金种子企业名单，启动ipo或重组上市的征程。