八八年，李福兆在家中被廉署以受贿罪拘捕，其后罪成，入狱三十二个月。
一度意气风发的他，没想过一年后会被廉署拘捕，最后更锒铛入狱，经过数年牢狱之苦，出狱后他避走泰国隐居。
翻查当年报道，廉署指控李福兆在1986年联交所通过接纳国泰航空（00293）的上市申请后，翌日私下致电国泰的财务顾问要求配售股份，作为他批准或不阻延国泰上市的报酬，遂获得50万股国泰股份。案情指李福兆在1987年初，以同样方式获得另一新上市公司永新企业配售30万股的利益。廉署引用防止贿赂条例检控，指他私下收取上述股份，沽售后共获利近90万元。1990年，李福兆罪成被判入狱4年，其时他刚过60岁。
堂堂联交所主席锒铛入狱，李福兆历尽32个月牢狱之苦，于1993年因行为良好获减刑提早出狱。出狱后李福兆欲远离是非地，惟据报道他于1994年遭加拿大移民法庭否决入境资格，同年他定居泰国曼谷。这一走，就是19年。
“股坛教父”因仅仅数十万元贪款违法罪成，案件当年轰动全港，李遭控罪入狱的原由亦众说纷纭，有指其遭遇涉及政治因素，政府拘捕李是借机整顿联交所，掌控证券业，更有业内人士直指其受害蒙冤。“好多事我不想说给公众知”，多年来坚拒向外界讲述案件始末的李福兆，2010年接受东周刊采访时仍然守口如瓶，仅响应“政治好黑暗”，但他显然仍耿耿于怀，曾在访问中不讳言：“我为香港做咗咁多嘢，你掉返转头问香港畀过乜我呢？”