SHENGPU 20230724
摘要： 回顾华大基因在甲基化PCR检测肠癌的三项专利，包括筛选甲基化PCR检测的目标区域；血浆游离DNA中SEPT9、ALX4、SDC2三基因甲基化试剂；粪便样本检测ADHFE1基因、PPP2R5C基因和SDC2基因甲基化状态的试剂盒。肯定华大基因的自主发现创新，思考相关的经验教训，思考聚焦，观察未来的技术变迁。
1专利1 基因甲基化PCR检测的目标区域
筛选甲基化PCR检测的目标区域的方法、试剂盒及应用
1.1 时间：2018.01.22申请专利
1.2 主要内容
申请号：201810059375.3
申请日：2018.01.22
发明名称：筛选甲基化PCR检测的目标区域的方法、试剂盒及应用
摘要：本申请公开了一种筛选甲基化PCR检测的目标区域的方法、试剂盒及应用。本申请的方法包括：
(1)从数据库中获取待分析肿瘤甲基化芯片及对应转录组测序数据；
(2)统计正常组与癌症组的甲基化程度值，筛选不同组别中具有显著差异的甲基化位点；
(3)联合转录组测序表达谱的分析，统计相关系数，筛选负相关位点；
(4)将步骤(3)获取的甲基化候选位点，与披露的相关文献关联，筛选获得文献支持报道多且组间甲基化差异程度大、表达量负相关位点；使用回归算法，获取最佳敏感性、特异性的位点集合，即目标区域。
本申请能灵敏、特异获得甲基化PCR检测的目标区域。
1.3 探针引物设计（完成并公布，略）
1.4 主要成果：获得甲基化检测目标基因（结直肠癌与肺癌）
1.5 试剂盒的定型
（未进行）
2 专利2： 血液样本三基因甲基化试剂盒
本项是华大基因2018年研发的
华常康0.0 版本（所谓的液体活检，血液检测）
2.1 专利概要
血浆游离DNA中SEPT9、ALX4、SDC2三基因的甲基化试剂盒（肠癌检测）
申请号：202010999774.5
申请日：2020.09.22
申请人：北京华大吉比爱生物技术有限公司
发明名称：一种检测多基因甲基化的试剂盒及其应用
2.2 摘要
本发明提供了一种检测多基因甲基化的试剂盒及其应用。
所述检测多基因甲基化的试剂盒包括：针对SEPT9基因启动子区域甲基化位点的引物对和探针；针对ALX4基因启动子区域甲基化位点的引物对和探针；针对SDC2基因启动子区域甲基化位点的引物对和探针。
本发明采用多基因甲基化联合检测方法，同时检测血浆游离DNA中三个基因的甲基化水平。经筛选优化，本发明首创的多重探针法降落PCR对结直肠癌进行早期筛查表现出良好的灵敏度和特异性，结直肠进展期腺瘤检出率显著提高，且检测结果稳定，重复性好。
2.3 实验与实施
具体实施：本实施例为与中山肿瘤医院合作项目，完成对414例有效检测样本的分析、评估引物探针组合的临床检测结果。164个结直肠癌患者和250个无患病症状志愿者被招募
2.4 试剂检测肠癌效果评价
血浆样本三基因甲基化检测的效果评估
3 专利3：粪便样本的三基因甲基化检测肠癌的专利
3.1 申请日2021.04.23
用于（粪便样本）结直肠癌检测的组合物、试剂盒及应用
摘要：提供了一种用于结直肠癌检测的组合物、试剂盒及应用。
所提供的组合物包含用于检测ADHFE1基因、PPP2R5C基因和SDC2基因甲基化状态的试剂，可以用来检测结直肠癌，具有高的灵敏度和特异性。
3.2 检测的目标基因确定
步骤：首先，发明人对癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas，TCGA)数据库中的不同基因在肿瘤/非瘤样本的甲基化水平所表现出来的显著性差异进行比较，从而筛选确定了甲基化检测的候选基因：
CDH4、ZNF132、PPP2R5C、LONRF2、ADHFE1、SDC2、NDRG4、BMP3；
利用少量肿瘤/非瘤样本对候选基因进行初步筛选，得到5个候选基因。
比较其在TCGA数据库中的甲基化数据，发现：
相较于BMP3基因和NDRG4基因，ADHFE1、PPP2R5C和SDC2基因均表现为在癌旁组织中的背景更低，在癌组织和癌旁组织也更能表现出更加明显的差异。
3.3 试剂效果评估
实验:共收集了201例结直肠癌样本、184例健康人对照、4例腺瘤样本和7例息肉样本。
合计（396例）
整合三个基因的△Ct值进行分析，AUC可达0.945。最终确定△Ct(ADHFE1)≤8、△Ct(PPP2R5C)≤5、△Ct(SDC2)≤12时判定该基因检测阳性，当任意基因阳性时则判定该样本检测阳性，
在此判定条件下，在特异性为94.02％时，灵敏性可达87.56％。
4 事后回顾
4.1 专利申请延迟于年报相关内容约2年
结论： 从专利申请角度看，应该是基于保密等原因，专利申请迟于实际工作约2年，从论文角度看，未研究。
支持结论的事实如下：
2018年报：临床试验和大规模人群验证后，公司正在努力推进肠癌血液早筛、***以及全外显子基因检测，基于外周血ctDNA的新一代液体活检产品转化，肠癌一站式检测等新产品转产发布。
2019年报：产品第13项：华常康™ 无创肠癌筛查基因检测提取粪便中肠道脱落细胞DNA，用荧光定量PCR技术检测肠癌相关基因基因甲基化水平，分析受检者罹患结直肠肿瘤及癌前病变的风险。
4.2 华大基因在甲基化PCR检测肠癌的技术路径回顾
第一步 筛选甲基化PCR检测的目标区域的方法、试剂盒及应用
第二步 技术路线1：定型：血浆游离DNA中SEPT9、ALX4、SDC2三基因的甲基化试剂盒（肠癌检测）评价：血液检测 灵敏度（可检出）指标81%尚不理想。
第三步 技术路线2：粪便DNA样本，检测ADHFE1基因、PPP2R5C基因和SDC2基因甲基化状态
灵敏度（可检出）指标87.56%可接受状态，但是与竞品比较，系不对称比较，弱。
第四步 粪便DNA甲基化 并联 便隐血 (FIT)，2022年末推出 COLOTECT 3.0
按照2022年11月29美国商业资讯BGI启动改进的非侵入性结直肠癌癌症筛查试验，COLOTECT 3.0。
基本数据：检测CRC的灵敏度为96.08%，检测晚期癌前病变（APL）的灵敏度为52.5%，
4.3 思考
从2019年推出华常康到2022年末，用3年时间，并联已有、已知、的传统的FIT,与精密科学的一致。这个针对市场待开发、不成熟的打法？在经营方面，华大基因中期（1-2年内）是否应该战略性聚焦比如：肠癌与质谱?
肯定华大基因的自主发现与创新；
思考相关的经验教训，思考聚焦；
观察未来的技术变迁。