恒瑞从1970年成立以来，大体经历了三个大的发展阶段。
第一阶段(1970-2003)，仿制药阶段：1970年，恒瑞前身——连云港制药厂正式成立，彼时主要进行原料药的生产和销售。1990年孙飘扬开始担任厂长，公司大力发展仿制药制剂（抗肿瘤、麻醉、抗感染药物）和原料药；
第二阶段(2003-2015)，仿创结合+仿制药国际化阶段：2001年左右公司开始着手布局创新药，并于2003年提交首个1.1类创新药艾瑞昔布的临床申请，公司开始步入仿创结合阶段。彼时中国的药品审评审评较为缓慢，但公司依然决定布局创新药研发，这些品种为公司日后创新药的大规模研发积累了丰富的经验。期间艾瑞昔布与阿帕替尼分别于2011、2014年获批上市，使得公司成为当时唯一拥有2个1.1类创新药的国产药企。此外，公司开始实施仿制药国际化战略，2011年盐酸伊立替康注射剂于美国获批上市，为中国首个获得FDA批准上市的注射剂。
第三阶段(2015-至今)，创新+国际化阶段：2015年开始，恒瑞集中发力创新药研发，其创新药研发不论在数量上，还是在创新程度上，都开始取得明显突破。在创新药研发上，公司已基本形成每年都有多个创新药申报临床，每2-3年都有创新药上市的良性发展态势。此外，公司开始致力于创新药国际化，公司多个1.1类创新药吡咯替尼、SHR-3680、SHR-3162、SHR-A1403、SHR-1314等已于美国或澳大利亚开展临床试验，PD-1单抗SHR-1210联合阿帕替尼一线治疗肝癌的国际多中心III期临床试验将在美国、欧洲和中国同步开展，未来几年公司有望将自主研发的创新药推向国际。