生物柴油行业中的上市公司主要包括以下几家：
卓越新能（688196.SH）：卓越新能是国内生物柴油行业的龙头企业，根据2020年的数据，其生物柴油产能达到30万吨，生物柴油业务占比达到84.7%，并且该公司的产品主要出口至欧盟市场，获得了欧盟的认证。
嘉澳环保（603822.SH）：嘉澳环保也是生物柴油行业的重要企业之一，其生物柴油毛利率较高，在12%以上，并且有计划提高产能。
海新能科（300072.SZ）：海新能科在生物柴油行业中也占有一席之地，根据提供的信息，该公司在生物柴油领域有所布局。
三聚环保（300072.SZ）：三聚环保在生物柴油行业中也有所涉及，根据2020年的数据，其在建产能达到40万吨。
甲醇原料制造企业：包括陕西黑猫（601015）、远兴能源（000683）、金牛化工（600722）、开滦股份（600997）、淮北矿业（600985）、云煤能源（600792）等，这些公司为生物柴油产业提供甲醇原料。
下游增塑剂生产企业：如ST榕泰（600589）、元利科技（603217）等，这些公司使用生物柴油作为原料生产增塑剂。
下游燃料油制造企业：包括博汇股份（300839）、石大胜华（603026）、荣盛石化（002493）等，这些企业在生物柴油产业链的下游环节进行燃料油的制造。