吴清曾任中国证监会机构部综合处处长、机构部副主任、机构监管部副主任、主任、证券公司风险处置办公室主任、基金监管部主任等职。2010年他到上海工作,任虹口区代区长,次年1月任区长,2013年7月任虹口区委书记。2016年5月,吴清任上交所党委书记,2017年12月任上海市政府党组成员, 次年1月任上海市副市长。2019年4月至2023年9月期间,吴清历任上海市委常委、上海市人民政府副市长,党组成员、上海市市政府常务副市长、上海市委副书记、政法委书记。