其中大部分观点在中关村论坛上已经有过表述，而NTD抗体的作用机理是新提出的观点。
文章用实验室方法从免疫产生的抗体库角度比较了新冠RBD抗原疫苗和S抗原疫苗免疫效果的区别，分析了造成这种区别的机制，并对下一代疫苗的设计给出建议。
1. 用mRNA平台构建RBD疫苗和S疫苗。RBD疫苗使用RBD二聚体抗原设计，S疫苗使用S-6P(HexaPro)抗原设计。15ug剂量2针次间隔4周，完全接种后4周两个疫苗诱导出可比的IgG免疫球蛋白(约10^6)，而S疫苗诱导出的中和抗体滴度显著高于RBD疫苗。这两种疫苗对当下的32个变异点位的中和活性，只有G476S和S477N突变会导致1.2~1.8倍下降。
2. 对RBD疫苗组和S疫苗组诱导的抗体库进行分类测量，RBD组抗体基因座最显性种系中VH9-3:KV5-45频率高达14.6%，而S组抗体基因座最显性种系中VH6-9-1:KV13-84频率低于5%，意味着RBD疫苗调动的抗体基因座非常集中，而S疫苗调动的抗体基因座比较分散。
3. 对两种疫苗诱发的抗体分别取排名前100的高频抗体进行分析。
（1）中和活性观察：RBD疫苗63个的抗体具有中和活性（63%），42个抗体具有强中和活性；S疫苗有53个抗体可结合S蛋白，其中23个、8个、13个、9个分别靶向S蛋白的RBD、NTD、S2和其他域，23个靶向RBD的抗体中19个产生了中和活性，8个靶向NTD的抗体中5个产生了中和活性，靶向S2和其他域的抗体均未产生中和活性，即S疫苗共有靶向RBD和NTD的24个抗体产生了中和活性（24%）。5个NTD靶向的中和抗体（S2、S3、S8、S71、S76）从不同的生殖系进化而来，19个RBD靶向的中和抗体中有11个来自VH1-5、VH1-22和VH1-26生殖系。此外，NTD靶向单抗S8和RBD靶向单抗S45、S80对中和具有协同增强效应，这解释了为何S疫苗诱导的高频抗体中中和抗体占比虽低，但依然有较强的中和活性。
（2）阻断结合观察：RBD疫苗和S疫苗分别有35个和13个强效中和抗体可以完全阻断hACE2和RBD结合，而RBD疫苗和S疫苗中具有最强中和活性的VH9-3生殖系抗体几乎没有阻断hACE2和RBD结合的能力。而RBD疫苗诱导V基因种系抗体几率要显著低于S疫苗，表明RBD疫苗有更好的抗体亲和力成熟。VH9-3生殖系抗体在竞争性试验中显示，其与P2B-2F6（2类）和S309(3类)产生竞争，所以其表位可能位于P2B-2F6（2类）和S309(3类)之间部分重合，但不与hACE2重合。
4. 某些NTD靶向单抗和RBD靶向单抗协同增强发挥强大的中和活性，但是，与识别多个非重叠表位的RBD导向抗体相反，有效的NTD导向中和抗体似乎以单个超级位点为靶点，意味着这些NTD表位突变会导致NTD靶向的抗体中和活性损失。
注：
（1）S-6P结构设计
S-6P在原S-2P的基础上增加F817P、A892P、 A899P、A942P 四个脯氨酸突变位点，来增加蛋白产量和prefusion稳定性，结构如下图。（参考原文连接）
S-6P抗原疫苗免疫效果（参考原文连接）
（2）已知新冠疫苗的抗原设计
