距离“深港通”计划开通时间还剩两个多月，国家税务总局与两地证监会仍未对外公布新机制下的税务安排。现有‘沪港通’的税务安排已算合理，预计内地政府不会再推出更多税务优惠，“深港通”将沿用“沪港通”税制不变。
投资“沪股通”可豁免缴交因买卖差价所产生的利润所得税以及增值税，但仍需缴交10%的股息预提税与卖方成交额0.1%的印花税。现有税制下，通过深港通与沪港通交易所获收益性质全部相同，相信深港通会遵循现有税务安排，取消股息预提税可能性不大。由于中港两地已签署避免双重课税协定，其中已对股息税做出有条件减免，破例彻底取消将有违税制。
内地政府现时仍然视股市为发展未成熟的市场，相信不会轻易改变税制，以免向市场传递错误信息。对于沪港通下南向投资者存在3年豁免期限，政府现时希望通过税收优惠鼓励投资者走向国际市场，故即使到期亦会续期，对于北上投资者，尽管未明言豁免期限，但料未来优惠仍将延续。
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