昨天认真拜读了北京大学谢晓亮组新发的论文：“ B.1.1.529 escapes the majority of SARS-CoV-2 neutralizing antibodies of diverse epitopes”。
该论文很及时，测试了各种中和抗体对多种新冠病毒包括Omicron的中和效力，最后发现只有少数中和抗体保持对Omicron的中和效力，其中最好的是GSK和Vir的已上市中和抗体Sotrovimab（VIR-7831），其中和效力相比野生株下降了3倍，这和VIR公司自己披露的2.7倍相吻合，说明该论文的实验数据可信度较高。
VIR-7831之所以保持Omicron中和效力，是因为其靶向RBD的根部保守区域，该区域突变较少，据VIR公司称，该抗体筛选自2003年SARS感染康复者体内的B细胞，也就是说该区域的中和抗体可能是广谱的，对冠状病毒普遍有效。
从这些信息可以延伸到疫苗，将得出一些非常有意思的推论。
疫苗主要在2方面起作用：
一方面疫苗是刺激人体产生B细胞和中和抗体，中和抗体可以和新冠病毒的S蛋白结合，阻止病毒侵入细胞。疫苗产生的中和抗体和非中和抗体不只一种，而是很多种。
病毒侵入细胞后，其蛋白片段会被MHC呈递给辅助T细胞以产生抗体，这些蛋白片段只有约10个氨基酸长度，S蛋白可以被切成成千上万个片段，理论上可以产生成百上千种抗体。
也就是说，一针疫苗虽然产生了100种抗体，但是每种抗体的数量都不多，加一针可以增加每一种抗体的浓度，病毒变异可以逃掉其中一些抗体，但是很难逃掉所有的抗体，如果变异较大，可以再加一针进一步提高抗体浓度。这能解释为什么，Omicron打2针mRNA疫苗只有30%保护效力，打3针提高到70%保护效力。
如果疫苗只包括RBD区域，如果RBD区域突变多，这个疫苗就可能完全失效，如果疫苗包括S蛋白全长，那么产生的抗体种类会更多，更不容易耐药。
推论1:编码全长S蛋白的mRNA疫苗相比只含RBD的mRNA疫苗，可能抵抗更多突变。
另一方面，如果病毒已经进入细胞繁殖，那么中和抗体就无能为力，这就需要靠效应T细胞去识别被感染的细胞，并消灭整个细胞，如果免疫系统较弱的老年人无法快速产生效应T细胞，被感染的细胞过多，就容易成为重症，死亡率上升。
mRNA疫苗在产生效应T细胞上有独特优势，因为其在DC细胞内表达S蛋白，DC细胞的MHC会呈递S蛋白的片段给CD8+ T细胞，以产生效应T细胞和记忆型效应T细胞。
蛋白疫苗、灭活疫苗在这方面都弱于mRNA疫苗，因为它们都难以进入细胞产生T细胞免疫，这已经被试验数据所证实。
和中和抗体同样的的逻辑，只含RBD的mRNA疫苗容易被突变所逃逸。
推论2:含全长S蛋白的mRNA疫苗在T细胞免疫、预防住院和重症方面，也可能优于只含RBD的mRNA疫苗、蛋白疫苗、灭活疫苗。
