2024年测序和多组学领域看点多多

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$Illumina(ILMN)$ $10x Genomics(TXG)$ $Olink Holding AB(OLK)$

过去一年的四篇年度观察文章可以参见:

基序2023|巨头浮沉的一年,测序市场动态调整开启

网页链接{基序2023|PacBio vs ONT,长读测序选购指南}

基序2023|你的WGS够囫囵(whole)吗?

基序2023|步入100美元基因组的元年

这些文章里已经点出了测序行业正在发生的一些变化:新进入者带来的竞争、不断下降的利润空间、长读长测序技术不断成熟、基因检测的产品化提速、测序上下游的成本压力等等。

这些趋势还在持续演化,加载裹挟着行业内每家公司都需要密切关注的机会或挑战。

承接过往,新的一年行业可能会呈现怎样的动态,会有哪些看点?这篇是建设者的2024关注和期待。

新的测序仪还会层出不穷

2022年是推新大年,很多公司推出了Illumina NextSeq2000类似的中通量测序仪,2024年可能会有一波公司推出自己的NovaSeq-like高通量测序仪,这个名单可能包括Element、PacBio(去年收购了Apton)、赛陆、真迈等;

Ultima在2023年又隐身了一年,接下来的JPM和AGBT都会参与,预计将正式开启商业化,UG100开放式测序框架会不会推动NHGRI那条经典的价格曲线在2024年穿破100美元基因组,值得期待;

其他公司可能会搞点不一样的:PacBio桌面式长读长测序仪?传闻MGI发新测序仪也有段时间了?终于能看到罗氏纳米孔测序仪的一些进展?

不管是否真高通量或代际,接下来一年国内估计会有四五个测序仪待发布?

如之前文章提到的,将看到更多的测序上游自动化提供商及品牌进入,甚至出现从样本到报告的测序诊断一体机?

多组学迎来喷薄发展

通过测序进行读出,空间组学和蛋白组学将迎来迅猛增长的一年;

高分辨率空间组学上的竞争将提速,预期10x Genomics将推出Visium HD进一步提升分辨率,其他的方法如stereo-seq,slide-seq等也将持续推进采用,其他国产的解决方案也都在迅速跟进;伴随着测序成本的下降,基于NGS的空间转录组学的发展可能会逐渐超过基于成像的方法?

Illumina预期今年中期将推出与SomaLogic合作的7k蛋白组学产品,在一台测序仪上同时运行多个组学,这能否点燃整个蛋白组学的激情?当然,SomaLogic和Olink的最终委身/卖身命运都还没有敲定,SomaLogic的合并大概率会黄,但Olink还是将会依入Thermo怀抱。还能不能期待Olink的7k产品?

蛋白组学上也要看质谱如何扩容如何持续提升性能,这离不开上游分离富集策略的产品化推进。

专利互殴少不了了

激烈竞争的背后一定少不了专利官司;测序/MRD/单细胞/空间组/蛋白组等领域都已经狼烟四起;

单细胞/空间组领域的大玩家10x Genomics已经通过专利战把老对手NanoString打得快破产了;起诉其他几家Vizgen、Parse、Curio的官司也都在进行中;

Olink起诉了即将商业化的新秀Alamar,这个判决结果对于PLA技术能否公开使用至关重要;SomaLogic也起诉了今年可能推出自己产品的Nautilus

MRD领域,natera似乎逐渐扳倒了ArcherDX/invitae和inviata/neogenomics,后面应该也不会闲着。

2024会看到更多的专利互殴。

生信分析的挑战越来越大大大

面对更多的数据集,更多的参考基因组,更多的数据类型,生信显然还没有完全跟上;

T2T pangenome所需要的基准工作流程/管道的开发;

长读长测序带来的SV、甲基化等复杂变异类型的分析和解读;

空间组、蛋白组等多组学整合所带来的数据海啸;

这背后将需要更加的自动化分析管线的运行,以及更多AI/ML/GPT的加持;

期待看到更多队列/数据集/GWAS/MR所带来的新药靶点的发现和开发推进临床。

水面下可能暗流涌动

100美元基因组的较量开始;

ONT全面进入Q30;

基因检测进入产品化时代,需要更多的证据和支撑,确定的参数性能,开始凸显品牌的作用;

WGS是不是还会停留在30x这个标准,都已经Q40/50的准确率了?

低深度WGS可能会更多取代genotyping?

标准短读WGS叠加靶向长读panel会不会成为一个过渡形态?

Instrument/microfluidics-free 的单细胞测序;

大公司今年可能要买买买了

丹纳赫、罗氏、赛默飞、布鲁克等在测序/多组学上会不会更多出手?

大胆猜测,10x Genomics会不会把Singular买了?Illumina会不会考虑入手空间组学公司,如Curio?

Grail如果作为2024M&A最佳主角,一定会博取最大眼球,看看罗氏会不会出手?

IVD公司入局,卷到海外去

IVD公司入局NGS能带来什么新鲜的视角?圣湘已经玩了一段时间了、安图推出自己的测序仪、几家IVD公司都通过投资进入了测序领域、今年可能看到其他还没有布局的IVD公司也要出手;

MGI带头,国内测序制造商纷纷出海,一带一路、东南亚、中东欧、南北美非,要到处飞了。

林子大了有好多的鸟,看看国内哪家公司最先破了100元WGS测序的价格记录。

战略发展开始逐渐跳出固有的思考框架

对于大的测序平台来说,在诸如单细胞/空间组学这些方向上,究竟是要兼容别人的产品还是买个自己的产品?

如果同时有自己的产品,市场营销上如何平衡与别人的合作?

测序更多进入拆解时代,开发测序仪所积累的平台技术如何实现更多的价值,工程酶/修饰核苷酸/表面化学/原位扩增/微流体/光学/芯片设计等等树干还能嫁接什么枝插?

以上,只代表个人的推测和期待。

期待为您持续提供更多思考和观察的角度、非正式但试图客观的参考。

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