本文素材基于《The Antidote, Inside the World of New Pharma》这本书。此书是《十亿美元分子》的续作。前作主要讲述的是福泰制药（Vertex Pharmaceuticals）如何在创立初期确定研发项目和融资，直至IPO的故事，而这本书则讲述的是公司上市以后，如何研发新药以及将新药推入市场的故事。
故事的主角之一，福泰公司的创始人约书亚·博格（Joshua Boger）是一个非常有雄心的人。在师从诺奖得主杰马里·莱恩（Jean-Marie Lehn）完成博士后研究工作后，博格开始了他职业生涯的第一站：在当时如日中天的医药巨头默沙东（Merck & Co.）从事抗高血压的药物研发工作。不到十年时间，凭借他勤奋的态度和过人的天赋，他已经当上了默沙东的资深药物研发主管（Senior Director）。然而，坐在这个多少人梦寐以求的位置上并不能让博格满足。1989年，博格决定开始他职业生涯的下一站，创立一家应用全新药物研发理念的公司—福泰制药。
福泰公司的创始人约书亚·博格站在新创立的公司前
在福泰公司创立的年代，药物研发和设计还比较落后，很多时候新药的发现更像是“撞大运”。这也导致了许多药企的管理层对新药的研发倾向于保守，他们更愿意花精力在对于已有药物的小修小补上，而不是去发现设计和创造新的药物。博格对这种观点嗤之以鼻，他曾经说过：“人生太短暂，我不能浪费时间在没有重大意义的工作上。”在他从默沙东辞职以后，他在家里的白板上写下了一段话，作为他对新公司的愿景：“更快更好的研发新药，做一个21世纪的生物科技公司，成为比默沙东更好的制药企业。”
福泰制药的第一个项目是设计一种代号为FK-506的免疫抑制剂替代品。这种药物是当时的明星分子，但是由于其是一种天然产物，具有较强的副作用。博格希望他的团队能够利用分子结构设计这一崭新的药物研发理念来合成出一种具有较小毒性的新分子，用来取代FK-506。然而，由于当时人们对FK-506的作用机理不甚了解，研发该药的替代品意味着福泰制药得从解释机理，到分子设计，再到合成分子，一步步重头开始。经过六年夜以继日的研发，博格的团队在攻克了重重难关以后，还是发现这是一个几乎不可能完成的任务，最终放弃了该项目。
虽然首个项目最终以折戟告终，博格和他的团队还是满怀信心的投入了下一个药物的研发。这次他们看上的是行业竞争异常激烈的艾滋病药物。艾滋病在80年代后期在全球开始了飞速的传播，而许多大药企都把研发艾滋病药物作为他们研发工作的重中之重。和福泰制药同场竞技的大药企就包括博格的老东家默沙东以及葛兰素史克（GSK）的前身威康公司（Burroughs Wellcome）。
和资源充足的大药企相比，福泰制药的艾滋病团队起初只有五人，可谓是兵微将寡。然而，博格却对公司击败其他竞争对手非常有信心。他拿出了公司的看家本领：利用计算机模型对分子和靶点进行计算和筛选，最终确定潜在的药物分子。他们瞄准了HIV蛋白酶，将其作为药物靶点进行研究。在科学家约翰·汤姆森（John Thomson）夜以继日的工作下，博格的团队成功的确定了HIV蛋白酶结构，最终得到了多个潜在的药物分子。然而，这些分子距离最终成药还有一定距离。大多数分子对人体的消化系统没有好的耐受性，导致它们在被人体吸收进入血液之前已被消耗殆尽。在比较了这些分子的活性和耐受性以后，VX-478最终脱颖而出，成为进入临床试验的幸运者。
福泰公司设计的艾滋病药物：HIV蛋白酶抑制剂 VX-478
药物的研发和上市是个漫长而又昂贵的过程，其中不仅涉及到药物分子的设计，临床试验和最后的大规模生产也是必不可少的关键步骤。作为一家初创公司，福泰制药显然没有足够的资源将自己开发的新药推入市场。尽管此前，福泰制药已与日本橘生药品工业株式会社（Kissei）达成合作协议，橘生的体量也不足以满足福泰对推进药物上市的需求。思来想去，博格和副总裁理查德·奥德里奇（Richard Aldrich）找到了威康公司。威康公司当时旗下已经有一款叫做齐多夫定（AZT）抗反转录病毒药物。作为第一款被批准的艾滋病药物，齐多夫定的药效并不理想。尽管作为一种逆转录酶抑制剂，该药可以抑制HIV病毒在体内的合成，研究表明它并不能有效延长艾滋病人的生存时间。因此，威康也急需开发一款效用更好的新药用以取代齐多夫定。在对福泰的VX-478进行了一系列的细胞和动物试验以后，威康的科学家发现该分子具有远高于他们所研究的潜在药物的活性。于是，两家公司一拍即合，迅速达成了合作协议。资本市场对该新闻表现积极，合作协议宣布后的几日内，福泰公司的股价从2美元一路攀升到了17.5美元。
在找到可以背靠的大树后，VX-478的商业化和福泰制药的前景似乎一片光明。与此同时，竞争对手默沙东传来坏消息，他们所研发的药物因为病毒的抗药性而被迫提前终止临床试验。这一切让博格对VX-478成为下一个重磅药物充满信心。然而，麻烦却悄然接踵而至。在福泰制药为VX-478申请专利二周前，另一家药企Searle（后被辉瑞收购）也为他们的药物分子申请了专利。巧的是，Searle的分子与VX-478有着相似的结构。由于Searle对其分子的马库西形式（Markush Type）申请了保护，VX-478对Searle的专利可能构成侵权。两个公司因为专利权的问题争论不休，这也大大影响了VX-478在临床试验上的进度。更雪上加霜的是，福泰制药的合作伙伴威康和葛来素（Glaxo）随后合并。新的公司由于战略调整和潜在的专利官司问题，对VX-478的项目不太感冒。由于福泰公司并不主导临床试验，能做的也只有等待。在漫长的等待中，革命性的艾滋病治疗方案，鸡尾酒疗法问世了。
鸡尾酒疗法是由华裔科学家何大一提出并推广的。其原理是将多种抗HIV病毒药物联合使用，以最大程度抑制病毒在体内的复制。在鸡尾酒疗法对艾滋病病人显现出惊人的疗效以后，各大公司纷纷跟进，开始了自己的鸡尾酒疗法临床试验。正在此时，葛来素威康还在经历合并的阵痛，VX-478的临床试验进度依旧缓慢。1999年，在与威康达成合作协议五年之后，福泰终于等来了FDA的批文，同意将VX-478上市。作为最后上市的一款HIV蛋白酶抑制剂，安普那韦（VX-478商品名）拥有超过其他药物的半衰期，病人也对该药有良好的耐受性。然而，艾滋病单一用药的时代已经远去，再加上胶囊制剂带来的难吞咽问题，该药最终反响平平。
从业界领先到最后上市，博格对合作伙伴葛来素威康的失望之情溢于言表。他在接受采访时说：“葛来素威康在推进VX-478时的表现让人失望。这件事对我们士气的打击比想象中还严重。这不光只是药物销量和利润的问题。我觉得我们以最快速度设计出了业界最好的分子，然而这一切功劳都因为葛来素威康的迟缓反应而烟消云散了。”
虽然福泰制药研发的艾滋病药物市场表现差强人意，但公司也借该项目融到了更多的资金，同时也扩大了自己在业界的影响力。就在福泰制药推进艾滋病药物研发的同时，公司也瞄准了另一个当时火热的抗病毒领域：丙肝病毒的治疗。欲知后事如何，且听下回分解。