新旧基因编辑技术的直接对决

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本月初,欧洲批准了首个CRSIRP人体试验。$CRISPR Therapeutics AG(CRSP)$ 和Vertex公司计划将在2018年下半年开展CTX001临床1/2期试验,用于治疗人类β地中海贫血。这家基因编辑公司自上市以来,终于在人们的翘首以盼中即将迎来第一例临床试验。CRISPR/Cas9这一新型基因编辑神器给基因治疗领域带来了更多的想象空间,也给“旧的”技术带了不小冲击。首当其冲的便是锌指核酸酶(Zinc-finger nucleases, ZFNs)和TALENs技术。恰巧的是,作为ZFNs技术的代表公司——Sangamo也在今年2月份开始了一项基因编辑临床试验,针对的疾病正是β地中海贫血。另一方面,CRISPR公司也在向通用型CAR-T邻域迈进,除了$Sangamo Therapeutics, Inc.(SGMO)$ 公司以外,还直接挑战坐拥TALENs技术的$Cellectis S.A. - American Depositary Shares(CLLS)$ 公司。

β地中海贫血

存在于血液中的血红蛋白主要负责氧的运输。血红蛋白数量下降或功能缺失会引起贫血。正常血红蛋白由 4 个亚基构成, 最常见为成人血红蛋白 HbA(2个α亚基和2个 β 亚基构成,α2β2), 这是成人血红蛋白的主要形式(占 98%以上)。另一种为胎儿血红蛋白 HbF (2个α亚基和2个γ亚基组成,α2γ2),这是胎儿发育期间及出生后血红蛋白的主要形式。刚出生时HbF可占全部血红蛋白 70%, 但随着年龄增长, γ 亚基表达开始减少, 而 β 亚基开始增多, 成年后HbF 含量一般不超过总血红蛋白的 1%(图1)。

图1. 胎儿出生后血红蛋白亚型的变化(图片引自CRISPR Therapeutics公司官网)

β地中海贫血患者由于编码β亚基的基因出现突变,从而导致患者体内β亚基合成不足,进而导致小细胞低色素贫血,严重的患者需要长期依赖输血才能维持生命。据估计,每年约新增6万名β地中海贫血患儿,每名患者将带来近100万美元的经济负担。

近年来研究发现,BCL11A是调节HbA和HbF的关键基因。在胎儿出生后,BCL11A基因直接抑制HbF的表达。对此,研究人员通过抑制BCL11A基因,从而使HbF在成人中重新表达。研究显示,通过增加β地中海贫血患者中HbF的表达,就能够取到保护作用(图2)。除了技术平台不同,Sangamo和CRISPR公司使用的是相同的治疗策略。严格意义上说,两家公司的治疗策略都没有直接纠正缺陷的β 亚基基因,而是通过敲除BCL11A基因的增强子区域,抑制BCL11A基因的表达,从而上调HbF。在具体操作时,先是从患者身上提取造血干细胞,然后用CRISPR 或者ZFNs干扰BCL11A,最后将编辑后的造血干细胞回输到患者体内(图3)。

图2. HbF减少β地中海贫血患者症状(图片引自CRISPR Therapeutics公司官网)

图3. β地中海贫血基因编辑资料策略(图片引自Sangamo Therapeutics公司官网)

CRISPR公司临床前数据(CTX001)显示,使用CRISPR敲除BCL11A的效率可达约80%,敲除BCL11A后HbF比例显著增高,γ和β亚基与α亚基的mRNA比例上升至无症状携带者水平。(图4、5)

图4.(图片引自CRISPR Therapeutics公司官网)

图5.(图片引自CRISPR Therapeutics公司官网)

Sangamo公司在去年的美国血液协会年会上(ASH)也公布了部分临床前(ST-400)数据,BCL11A的打靶效率也约为80%,其中>50%的细胞成功敲除两个BCL11A位点,和对照相比,γ亚基表达量上调4倍。总体来说,两家公司编辑效率相当。Sangamo公司的临床1/2期试验目前已开展入组(网页链接),在速度上略微领先。另外,这两家公司还都同时在另外一种遗传学血液病——镰状细胞贫血上有所动作。镰状细胞贫血是另外一种β亚基突变,同样的治疗策略(提高HbF)也适用于该疾病。

通用型CAR-T

关于通用型CAR-T,我在之前的文章也有过介绍(详见:通用型CAR-T细胞免疫疗法的前景展望),目前处于领跑地位的依旧是法国的Cellectis公司,其背靠辉瑞和Allogene公司,目前已有两项产品处于临床试验阶段。除了UCART19授权给Allogene以外,去年被FDA中止的UCART123项目也在修订试验流程后重新进行病人入组。

Sangamo公司也在本月举行的美国基因与细胞治疗学会(ASGCT)也更新了通用型CAR-T项目,TRAC和β2M双重敲除效率为91%,在双重敲除的同时插入CAR的效率为77%(图6)。公司还尝试了三重敲除加一个插入的组合,在敲除TRAC和β2M的同时还敲除了免疫检查点基因CISH,并在TRAC位点插入GFP。实验结果显示,有76%的细胞同时实现了这4个编辑(图7)。目前Sangamo Therapeutics公司测试的靶点只有CD19。

图6. 双重敲除的同时插入CAR(图片引自Sangamo Therapeutics公司官网)

图7. 三重敲除加一个插入(图片引自Sangamo Therapeutics公司官网)

CRISPR公司在通用型CAR-T的发展则显得十分迅速。公司之前已经完成了CD19通用型CAR-T (CTX101)的生产,亟待在今年第四季度提交IND。公司在4月份举行的美国癌症研究协会(AACR)年度会议上还更新了两外两个靶点数据(详见:CRSP:公司项目进展)。其中使用靶向B细胞成熟抗原(BCMA)的通用型CAR-T细胞将被用以治疗多发性骨髓瘤,而针对CD70的通用型CAR-T细胞则希望能够在实体瘤中取得进展。与此同时,公司利用CRISPR/Cas9简易高效的特点,在多重编辑上完出了花样,在本月的ASGCT会议上,公司展示了TCR-/β2M-/PD1-/Edit4/CAR+这一五重编辑组合,编辑效率达到60%(注:Edit4为第四项编辑,具体基因公司没有透露)(图8)。能够快速对多个位点进行同时编辑,这也为CAR-T疗法提供了新的思路和空间。

图8. 五重编辑(图片引自CRISPR Therapeutics公司官网)

结语

人事有代谢,往来成古今。生物技术的迅猛发展让这个行业显得如此残忍。这些“旧”的编辑技术其实也刚步入临床试验阶段。可在CRISPR横空出世之后资本的天平便慢慢往CRISPR技术倾斜了。抛开其它因素,如果只是针对β地中海贫血或CD19通用型CAR-T,这几种编辑技术的效率是旗鼓相当的,像TALENs甚至具有更好的安全性。当然,Cellectis公司依旧是通用型CAR-T的领跑者,而Sangamo公司目前的核心项目还是基于AAV病毒的基因治疗,包括血友病和粘多糖增多症。突然想到铁扇公主的那句台词:“以前陪我看月亮的时候,叫人家小甜甜,现在新人胜旧人了,叫人家牛夫人!”是的,CRISPR现在正是别人眼中的小甜甜。

参考资料

Nat Genet. 2018 Apr;50(4):498-503. doi: 10.1038/s41588-018-0085-0. Epub 2018 Apr 2. Natural regulatory mutations elevate the fetal globin gene via disruption of BCL11A or ZBTB7A binding.

CRISPR Therapeutics公司官网

Sangamo Therapeutics公司官网

Cellectis公司官网

全部讨论

2020-01-08 00:29

单从$CRISPR Therapeutics(CRSP)$ 这张图看,这右边治疗组的标准差这么大,大规模临床搞不好会不显著的。

2019-03-09 13:24

Precision medicine 预备上市的,据说找到第四种gene editing .. Arcus 平台,适应归巢核酸内切酶... 有进一步的分析吗?

2018-05-31 09:01

多谢分享。

2018-05-31 08:53

很期待你的3支股的横向比较分析。18年又上了好几家基因治疗的公司。SLDB和ABEO都采用的CRISPR编辑技术,不都开始了1期实验吗?这支股1期临床都还没开始,估值为什么这么高啊?

2018-05-27 02:08

CRSP 印象中有了一些临床数据,效果没有体外那么好。具体原因我要再去研究下。现在的股价有点高估,主要是考虑takeover的可能性。其他两个CLLS,SGMO我都有,现在的估值还算合理。