1.创始人驱动型公司面临的风险。强势创始人带领下的公司会有哪些风险？排名首位的当属独断带来的决策失误，排名第二当属后继者无法继续上代辉煌。先来看第一个，由于创始人奠定公司基业、拥有至高话语权，其对公司业务发展及战略制定具有决定性影响，假如该创始人属于“伟大全能无敌型”——既高瞻远瞩、聪明过人，又能礼贤下士、虚心听取建议、知错即该，同时能洞察行业走向、引领产业潮流，那么该公司想要不发达都难。但事实上，很多公司创始人尽管强悍但并不“伟大全能”，在决策中难免失误，假如该创始人行事作风独断，那么公司因决策错误而陷入困境（甚至崩盘）的可能性又增加很多。再来看第二点，创始人做得很出色并不能保证后继者能再现辉煌，对于家族企业尤其由此。对于不是家族企业公司而言，能否选择出色CEO直接关系到未来命运。
阿里巴巴集团即明显属于创始人驱动型公司，马云对于阿里各项子业务的发展具有决定性话语权。在很长一段时间中，马云就是所有人心中的“伟大全能无敌型”领导者，他率领阿里开拓B2B市场并成为行业老大，推出淘宝网打败Ebay中国称霸C2C，创造支付宝成为在线支付的绝对领先者，但从2008年后事情开始发生变化，淘宝商城B2C面临众多新起之秀的围攻轰炸，B2B业务遭到模式更创新性的B2B公司迅速侵蚀，物流布局相比京东商城明显落后一步，而云计算能力到目前仍属初级……其实在很长一段时间，马云并不看好B2C模式，这从“淘宝商城2008年推出，直到2011年才拆分”这项举动就可看出；而阿里B2B业务比较早就意识到年费模式的弊端，但直到欺诈门后才舍得革自己的命，这些其实都显示出创始人驱动型公司的风险。由于创始人驱动型公司的动力来自创始人，当创始人稍稍有所懈怠或决策有所失误，那么对于公司业务的不良影响将会是惊人的，例如公司各业务部门决策开始变得缓慢、创新乏力、机构效率开始下降，同时遭遇系统性风险概率提升。
从另一面来看，创始人驱动型风险也可称之为“计划经济型”风险，在计划经济中总是有一个自认全能的当政者，制定政策、计划、道路，再“自上而下”领导众人执行。从阿里巴巴集团业务发展史来看，阿里集团内部已习惯于“马云指明方向，大家一拥而上”，而来自内部及底层的创新推动力明显不足。2011年淘宝一拆三，很大程度上也是马云为医治此种现象而开出的药方，计划经济模式的弊端已越来越严重，分家成为必定的选项，毕竟各家必须得寻找适合自己的道路。
展望未来，能驾驭阿里巴巴集团这艘大船的目前仍只有马云一人，这是阿里巴巴的优势（例如遇到危机可快速掉头），也会成为其非常大的系统性风险，这种风险将一直伴随阿里集团未来发展。
2.商业模式创新问题。上面提到创新问题，不妨继续进一步讨论。阿里B2B业务“欺诈门”事件除了暴露阿里巴巴监管漏洞、内部协同机制不到位等原因外，还暴露出阿里B2B业务商业模式创新乏力问题。阿里B2B业务模式主要为信息平台模式——典型的销售导向，赚取中介费用。随着全球买家采购方式的变化，小批量与多批次正形成新的潮流，与此同时“按成交付费”越来越被买卖双方所接受，敦煌网等B2B模式因此崛起，在此过程中阿里B2B虽有所尝试，但却尾大难掉，反应相当迟钝。卫哲的离开与欺诈关系甚小，而与B2B业务身陷困境甚大，背后则是创新乏力。2011年5月，经过调整后的阿里B2B公司宣布“加速B2B转型B2C”，这也是欺诈事件后阿里B2B最重要的战略。“加速B2B转型B2C”简单说就是帮助B2B平台上的小企业转型做B2C业务，前期上线的无名良品（已改名为良无限）即属于其中转型方向，但转型能否成功仍不明朗。
继续盘点最近两年电商模式的创新，你会发现阿里巴巴集团在许多方面均“后知后觉”。例如社交化电子商务，阿里巴巴一直以来的尝试均不成功；再例如团购模式，阿里巴巴凭借庞大用户基数将聚划算交易额推向第一，但产品本身并没多少创新性可言。在2010年6月分拆后，淘宝C2C负责人姜鹏表示“阿里集团对淘宝网的KPI考核，不是业绩，而是创新”，也反映出阿里集团对于商业模式创新的焦虑。或许阿里高层都觉察到，对于一家规模足够庞大、市场份额绝对领先的电商公司而言，其最大的威胁将来自于臃肿与守旧，而其最大敌人则是拥有持续创新能力公司。
3.股权危机再现的可能性。马云领导下的阿里巴巴无疑是一家具有宏大抱负的公司，但自2005年后却面临股权冲突问题，这个问题随着阿里集团的发展壮大越来越严重。简单来说，阿里集团的控制权由三方势力所决定——阿里巴巴内部人士、软银集团、雅虎集团，这三方各怀不同的心思。对于阿里内部人士来说，一直希望回购股份，掌握公司的控制权，自己努力奋斗的果实希望由自己内部人来分享；对于雅虎来说，却坚决不放松对阿里集团资产的控制，立求让这块资产利益最大化，何况美国雅虎已越来越江河日下，市场份额被谷歌、Facebook等新贵抢去；软银集团更像中间调停人，当然也关心自己的利益，但同时希望两家谁都不要太强势，也不要闹得太过头，导致最后都没好果子吃。三方对于阿里集团的不同心态，从2005年后就埋下股权冲突的种子。
2010年前，雅虎、阿里巴巴、软银三方相安无事，雅巴虽有多次口齿之争但规模很小。矛盾真正激化是在2010年10月，“关键履约期”到来，让雅虎的投票权从35%增加至39.0%，而马云等管理层的投票权将从35.7%降为31.7%。2011年，雅巴矛盾进一步升级，支付宝转移事件带给整个行业极其大的震惊，从结局看马云获得支付宝控制权，但却背负巨大的道义、法律风险。而直到目前，在"获得牌照"与"获得支付宝资产控制权"两者间的直接关系也没有充分建立。
支付宝之外，还有淘宝商城、阿里云、淘宝C2C等公司，阿里集团的控制权纠纷不彻底解决，必将继续带给其未来决策与发展的不确定性，何况此次支付宝事件已极大透支马云的信用。从众多互联网公司的兴衰历程来看，董事会股权分散及股权纷争导致公司业务崩溃的个案不胜枚举，归根结底是各方目标不同（有的投资人想短期推出，有的想马上套现，有的则是长期投资），导致公司决策层无所适从。这样的案例并非不可能在阿里集团上发生。
4.官僚主义与反腐败。2011年2月，在淘宝年会中马云讲话称“淘宝必须反对官僚主义，必须严惩腐败。官僚主义和腐败不是衙门的专利，任何商业机构发展到一定程度，都可能体制化，都会滋生官僚主义和腐败。”在讲话发表4个月后，6月16日阿里巴巴集团宣布淘宝网分拆，将原淘宝网分拆为三家独立公司——淘宝C2C、淘宝商城、一淘网。淘宝网分拆是根据中国电子商务市场需求变化而做出的改变，也由于淘宝网自身的官僚化与机构臃肿。
在科层制管理方式下，随着淘宝交易规模与用户量的持续增长，各个机构逐渐膨胀，并直接导致内部官僚化，决策反应速度因此变慢。阿里集团战略总参谋长曾鸣在接受采访时指出，淘宝网分拆是因为其已存在系列“大公司症状”——反应速度越来越慢，决策机制越来越官僚化，创新机制总觉得没到位。例如B2C淘宝商场与C2C业务，不同业务模式天然存在冲突，却被置于一家企业之下，肯定导致效率低下。对于医治官僚主义，拆分是一剂药方，但并不能保证药到病除。从2003年阿里集团推出C2C业务到目前，在八年时间里淘宝已将战线铺向电商各个领域，如何能让各条战线都提升效率、去官僚化，是一项严峻的任务。
再来看腐败。同样在2011年2月，阿里巴巴集团针对B2B业务“供应商欺诈事件”掀起大整肃，公司CEO卫哲、COO李旭晖因此引咎辞职。在“欺诈门”事件发生后，阿里巴巴称，近100名销售人员和部分主管及销售经理需要对其故意（或疏忽）容许骗子规避公司的认证措施及在国际交易市场上有组织地建立进行诈骗的商户店铺负直接责任。“欺诈门”事件是阿里巴巴口中捍卫价值观的斗争，也是反腐败的斗争，这项斗争显然将会是持续而持久的。
5.如何搞定物流体系。阿里巴巴B2B业务要转型、淘宝商场要做B2C平台，都需要迫切解决物流问题。与京东商城较早筹划建设物流基地不同，淘宝网从一开始就依赖第三方物流，尽管后来投资星辰急便和百世物流，但总体进展缓慢。相比较截止2010年3月，京东已建成华北、华东、华南、西南四大物流中心，目前在上海开建的“亚洲一号”占地36000平方米。自有物流体系不仅可以提升购物体验，同时也可以提供给第三方公司，即类似亚马逊的物流开放平台。2010年12月，京东商城开放平台上线，正式展开与淘宝商城竞争，淘宝商城的优势在流量，劣势却毫无疑问在物流。
2011年1月，阿里巴巴集团宣布将与合作伙伴投资千亿建设覆盖全国物流体系。项目一期将投资200亿元建设全国仓储体系（建7个百万平方米以上的阿里大仓）；二期与其他合作伙伴共同集资1000亿元人民币，发展物流系统。对于毫无物流体系建设经验的阿里来说，建设如此大规模的物流体系充满挑战：
其一，阿里仓储定位为专业物流地产商，那么必须吸引第三方物流服务商与其他伙伴进入此平台，而要说服独立物流公司将仓储放在非自家仓库并不容易；其二，与仓储相配套，阿里巴巴需要强大的技术能力与数据化运营能力，阿里云是否能承担此重任存疑；其三，阿里不建设配送团队，但配送却是电子商务的最后一公里难题，阿里仓储能否与配送团队有效配合，让其符合阿里的规范，同样是难题。