深圳双Y建设方案上，需要将大桥的建设北移，接入香港的点从大屿山变成了屯门，对于香港来说，远离了机场和港口，不是一个很好的方案
深圳双Y建设方案上，需要将大桥北移，使得无法接入澳门，带来珠海和澳门建设更高的成本，和更复杂的出入境管理，从这点上，澳门是否会同意，多出来的钱谁来掏，就又会是复杂的较量
深圳双Y建设方案距离珠江口太近，上面有5条主航道，5条桥同时建设会使整个珠江口港口几乎瘫痪，当然，深圳自己还有盐田港可能无所谓，但广州中山、珠海的港口可能要被限流很多年。如果改成隧道，那建设更将遥遥无期，预算更会是天量。