按照证监会新闻发布会的官方口径，北交所与沪深交易所错位发展，具体体现在以下几个方面：一是北交所与沪深交易所为促进形成各有侧重、相互补充的中国特色多层次资本市场体系，北京证券交易所将坚守服务创新型中小企业的初心和使命，坚持差异化的制度安排，突出市场特色，处理好与沪深交易所错位发展和互联互通的关系。二是在市场功能方面，北京证券交易所聚焦创新型中小企业，服务对象“更早、更小、更新”，通过构建新三板基础层、创新层到北京证券交易所层层递进的市场结构，充分体现市场包容性和服务精准性，强化各市场板块之间的功能互补，不断扩大资本市场覆盖面，提高直接融资比重。三是在制度安排方面，北京证券交易所着力构建契合中小企业特点的基础制度，坚持上市公司从符合条件的创新层企业中产生。同时，北京证券交易所坚持向沪深交易所的转板机制，充分发挥纽带作用，强化多层次资本市场互联互通。四是在市场运行方面，北京证券交易所坚持以合格投资者为主，投资者结构和风险偏好与沪深交易所有较大差异，与创新型中小企业的风险特征相匹配，将形成长期投资、理性投资的投资文化，预计整体市场运行相对平稳。
由于新三板公司既可以通过创新层进入北交所，也可以直接申报沪深交易所上市，俗话说，选择比奋斗更重要，对于新三板企业来说，如何选择就非常重要。下文主要从新三板企业角度来看北交所上市与沪深交易所的区别，主要有以下方面：
一是北交所的上市门槛会稍微低一些。对于本身在新三板市场的企业来说，企业可以根据自身的情况，选择去北交所上市还是去沪深交易所上市，北交所上市的上市门槛大概在3000万元净利润左右，而沪深交易所的上市门槛大概在5000万元净利润左右。
二是北交所新发的股份比较灵活。对于发行后低于4亿股的新三板企业来说，只要发行后社会公众股不少于25%的比例，新三板企业去北交所上市最低可以只发行100万股；而新三板企业去沪深交易所上市至少要新发行25%的股份。对于控股股东持股比例较低的新三板企业来说，北交所上市就很有吸引力，可以较低的稀释股份获得一个上市公司身份。
三是从上市时间来看，北交所上市排队较少。目前，新三板企业去沪深交易所上市，从申报到上市大概需要一年左右的时间，而新三板创新层企业去北交所，从申报到上市大概半年左右。
四是从发行估值和发行方式来看。目前，精选层（未来的北交所）的发行市盈率大概平均32倍，比科创板33倍稍低一点，但高于创业板；此外，北交所的发行方式比较多元，有询价发行、竞价发行也有直接定价发行，而科创板和创业板主要是询价发行（大家知道科创板和创业板的定价主要掌握在大机构的手中，企业和保荐机构只能被动接受。）
从新三板企业投资者角度来看，北交所上市与沪深交易所的区别，主要有以下方面：
一是北交所上市，10%以下股份的投资者没有锁定期，而沪深交易所上市前的所有股份至少需要锁定一年；
二是北交所上市退出有可能没有税收要求；而沪深交易所上市退出要缴纳20%的所得税。